staphb/freyja

Freyja Docker镜像

镜像概述和主要用途

Freyja是StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟提供的Docker镜像，用于从测序数据集中恢复混合SARS-CoV-2样本的相对谱系丰度。该镜像属于StaPH-B docker-builds仓库，提供集中化、易于访问的生物信息学工具容器化解决方案，支持公共卫生领域的病毒基因组监测工作，尤其在COVID-19大流行期间，为SARS-CoV-2等重要病原体的基因组 surveillance 提供关键支持。

核心功能和特性

• 核心功能：精准恢复混合SARS-CoV-2样本中各病毒谱系的相对丰度，支持从测序数据中定量分析病毒变体分布
• 版本支持：提供多个稳定版本，包括1.2、1.2.1、1.3.1及1.3.2
• 跨平台兼容：与Singularity容器格式兼容，可通过简单转换实现跨平台使用
• 无拉取限制：已加入Docker开源计划，免除Dockerhub的拉取速率限制，保障公共卫生机构无阻碍访问

使用场景和适用范围

主要适用于公共卫生实验室、病毒学研究机构及传染病监测网络，具体场景包括：

• SARS-CoV-2混合样本的基因组谱系组成分析
• 病毒变体流行率动态监测
• 测序数据中低丰度病毒谱系的检出与定量
• 疫情传播链中病毒种群结构研究

使用方法和配置说明

镜像获取

Freyja镜像同步托管于两个平台，可根据网络环境选择：

Dockerhub

bash
# 拉取指定版本（推荐）
docker pull staphb/freyja:1.3.2

# 拉取最新版本
docker pull staphb/freyja:latest

Quay.io

bash
docker pull quay.io/staphb/freyja:1.3.2

基本运行示例

通过挂载本地数据目录运行Freyja命令，示例如下：

bash
# 假设输入数据位于当前目录的data文件夹，输出结果保存至该目录
docker run --rm -v $(pwd)/data:/workdir staphb/freyja:1.3.2 \
  freyja analyze \
  --bam /workdir/sample.bam \
  --variants /workdir/variants.vcf \
  -o /workdir/freyja_output

Singularity转换与使用

对于无法使用Docker的环境，可转换为Singularity格式：

bash
# 从Dockerhub转换镜像
singularity pull docker://staphb/freyja:1.3.2

# 运行Singularity容器
singularity run freyja_1.3.2.sif freyja [命令参数]

详细文档与支持

• 官方用户指南：包含容器使用最佳实践与开发规范，参见 https://staph-b.github.io/docker-builds/
• 工具源码：Freyja核心代码参见 https://github.com/andersen-lab/Freyja
• 问题反馈：如遇镜像拉取或功能异常，通过 https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues 提交反馈

版本信息