staphb/mafft

MAFFT Docker镜像文档

镜像概述

MAFFT Docker镜像是由StaPH-B（State Public Health Lab Bioinformatics）联盟提供的容器化解决方案，用于运行MAFFT多序列比对程序。该镜像提供了便捷的部署方式，确保用户能够快速使用MAFFT进行氨基酸或核苷酸序列的比对分析，无需手动配置复杂的依赖环境。

核心功能与特性

• 多序列比对：支持氨基酸和核苷酸序列的比对，提供多种比对算法（如FFT-NS-1、FFT-NS-2、L-INS-i等）以适应不同需求
• 高效性能：优化的算法设计，可处理大型序列数据集
• 高质量结果：生成准确的序列比对结果，适用于后续的进化分析、功能预测等研究
• 容器化优势：预配置所有依赖，确保跨平台一致性和快速部署

使用场景与适用范围

• 基因组学和蛋白质组学研究中的序列比对分析
• 进化树构建前的序列预处理
• 基因或蛋白质家族的保守区域分析
• 微生物基因组、病毒基因组等序列的比较研究

使用方法与配置说明

前提条件

• 已安装Docker引擎

镜像获取

从Docker Hub拉取MAFFT镜像：

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/mafft:7.450

基本使用示例

运行MAFFT比对序列文件（假设本地序列文件为input.fasta）：

bash
# 挂载当前目录到容器内的/data目录，以便访问输入文件和输出结果
docker run -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/staphb/mafft:7.450 mafft /data/input.fasta > /data/output.fasta

高级使用

MAFFT支持多种参数配置，例如使用L-INS-i算法进行高精度比对：

bash
docker run -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/staphb/mafft:7.450 mafft --localpair --maxiterate 1000 /data/input.fasta > /data/output_advanced.fasta

Singularity兼容性

对于无法使用Docker的环境，可将MAFFT Docker镜像转换为Singularity格式：

bash
singularity pull docker://staphb/mafft:7.450

具体使用方法可参考https://staph-b.github.io/docker-builds/

版本信息

当前提供的MAFFT版本：7.450

相关链接

• MAFFT官方网站：[***]
• StaPH-B Docker仓库：https://github.com/StaPH-B/docker-builds
• Docker Hub镜像页面：https://hub.docker.com/r/staphb/mafft

许可证信息

• 镜像遵循GNU GPLv3许可证
• 详细软件许可证信息可参考：https://github.com/StaPH-B/docker-builds/blob/master/Program_Licenses.md