staphb/pbptyper

staphb/pbptyper镜像说明

镜像概述

staphb/pbptyper镜像提供pbptyper工具，用于对肺炎链球菌（Streptococcus pneumoniae）基因组组装体进行青霉素结合蛋白（PBP）的计算机分型。该工具是生物信息学领域分析细菌耐药相关蛋白的重要工具，适用于科研和临床微生物学场景。

核心功能

• 从肺炎链球菌基因组组装体序列中识别并分型PBP基因
• 支持FASTA等标准基因组组装文件格式输入
• 输出结构化的PBP分型结果，辅助耐药性机制分析

使用场景

• 细菌耐药性研究与机制探索
• 临床肺炎链球菌感染的分子流行病学调查
• 微生物基因组学实验的数据分析环节

配置说明

使用时需挂载输入文件目录和输出目录，确保输入文件为有效基因组组装序列（如FASTA格式），并通过命令参数指定输入输出路径。

Docker部署示例

单文件分析

bash
docker run -v $(pwd)/input:/input -v $(pwd)/output:/output docker.xuanyuan.run/staphb/pbptyper pbptyper --input /input/assembly.fasta --output /output/pbp_results.txt

批量目录分析

bash
docker run -v $(pwd)/input_dir:/input -v $(pwd)/output_dir:/output docker.xuanyuan.run/staphb/pbptyper pbptyper --input_dir /input --output_dir /output