staphb/seqtk

StaPH-B Docker镜像仓库

镜像概述和主要用途

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供集中式的Docker镜像资源，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

核心功能和特性

• 集中化镜像管理：整合多种常用生物信息学工具的Docker镜像，避免分散查找的麻烦。
• 详细文档支持：提供容器构建流程和使用方法的清晰说明，降低使用门槛。
• Singularity兼容性：多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无法使用Docker的用户需求。
• 社区贡献机制：支持用户通过fork仓库、提交PR贡献新镜像或改进现有镜像，通过issue反馈问题。
• 持续集成验证：部分容器通过TravisCI测试，确保构建稳定性（构建状态仅反映已添加到TravisCI测试的容器）。

使用场景和适用范围

适用于公共卫生实验室及相关领域的生物信息学分析，包括但不限于：

• 序列数据质控与预处理（如FastQC、Trimmomatic）
• 基因组组装与注释（如SPAdes、Prokka）
• 基因分型与血清型鉴定（如mlst、SeqSero2）
• 耐药基因与毒力基因检测（如ABRicate、NCBI AMRFinderPlus）
• 系统发育分析（如RAxML、FastTree）

使用方法和配置说明

用户指南

详细使用方法和最佳实践请参考https://staph-b.github.io/docker-builds/%EF%BC%8C%E5%8C%85%E6%8B%ACDocker%E5%AE%B9%E5%99%A8%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%80%81%E5%BC%80%E5%8F%91%E6%96%B9%E6%B3%95%E5%8F%8ASingularity%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E8%AF%B4%E6%98%8E%E3%80%82

获取镜像

所有镜像可从Docker Hub获取，仓库地址：https://hub.docker.com/r/staphb/
拉取镜像示例：

bash
docker pull staphb/abricate:1.0.0  # 拉取指定版本
docker pull staphb/fastqc          # 拉取最新版本

运行容器

基本运行示例（以FastQC为例）：

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data staphb/fastqc fastqc /data/input.fastq -o /data/output

Singularity使用

对于无法使用Docker的环境，可将Docker镜像转换为Singularity格式，具体方法参考https://staph-b.github.io/docker-builds/%E3%80%82%E8%BD%AC%E6%8D%A2%E7%A4%BA%E4%BE%8B%EF%BC%9A

bash
singularity pull docker://staphb/abricate:1.0.0  # 从Docker Hub拉取并转换为Singularity镜像
singularity run abricate_1.0.0.sif abricate --help  # 运行Singularity容器

可用Docker镜像列表