staphb/shovill Docker 镜像 - 轩辕镜像 | Docker 镜像高效稳定拉取服务
staphb/shovillstaphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种公共卫生生物信息学工具的Docker镜像，集中托管于Dockerhub和Quay.io，文档清晰，支持Singularity转换，助力病原体基因组分析等公共卫生工作。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：2 个月前
StaPH-B Docker镜像仓库
镜像概述和主要用途
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
核心功能和特性
- 集中化管理：为公共卫生生物信息学工具提供统一的Docker镜像管理平台
- 多平台托管：镜像同时托管于Dockerhub和Quay.io，并定期同步
- 无拉取限制：已通过Docker开源计划认证，解除
staphb镜像的Dockerhub拉取速率限制 - Singularity兼容：大多数镜像可轻松转换为Singularity格式，满足不同环境需求
- 完善文档：提供详细的用户指南，包括容器使用和开发的最佳实践
使用场景和适用范围
适用于公共卫生实验室的生物信息学分析工作，特别是病原体基因组 surveillance（如SARS-CoV-2及其他公共卫生关注病原体的基因组监测）。广泛应用于基因组组装、序列分析、变异检测、系统发育分析等生物信息学流程。
使用方法和配置说明
访问用户指南
详细的使用和开发指南请参考：Docker用户指南
Singularity使用
对于无法使用Docker的环境，可将Docker镜像转换为Singularity格式。具体方法请参考上述用户指南中关于从Dockerhub下载镜像并使用Singularity运行的说明。如发现不兼容的镜像，请提交issue反馈。
镜像拉取
Dockerhub
bashdocker pull staphb/[镜像名称]:[版本标签]
示例：
bashdocker pull staphb/abricate:1.0.0
Quay.io
bashdocker pull quay.io/staphb/[镜像名称]:[版本标签]
镜像托管平台
所有镜像同时托管于两个平台并定期同步：
- Dockerhub - [***]
- Quay.io - [***]
注意：Dockerhub自2020年11月起实施拉取速率限制，但
staphb镜像已通过Docker开源计划解除限制。如遇到toomanyrequests错误，请通过提交issue反馈。
可用Docker镜像列表
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| ABRicate  [] |
| centroid 
staphb/pangolin
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
3 次收藏100万+ 次下载
16 天前更新
staphb/samtools
staphb
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
5 次收藏100万+ 次下载
2 个月前更新
staphb/ivar
staphb
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
100万+ 次下载
6 个月前更新
staphb/bcftools
staphb
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
20 次收藏100万+ 次下载
2 个月前更新
staphb/vadr
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
2 次收藏100万+ 次下载
1 个月前更新
staphb/kraken2
staphb
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
5 次收藏50万+ 次下载
2 个月前更新
镜像拉取常见问题
使用与功能问题
错误码与失败问题
manifest unknown 错误：镜像不存在或标签错误
manifest unknown 错误
TLS/SSL 证书验证失败：Docker pull 时 HTTPS 证书错误
TLS 证书验证失败
DNS 解析超时：无法解析镜像仓库地址或连接超时
DNS 解析超时
410 Gone 错误：Docker 版本过低导致协议不兼容
410 错误：版本过低
402 Payment Required 错误：流量耗尽错误提示
402 错误：流量耗尽
401 UNAUTHORIZED 错误：身份认证失败或登录信息错误
身份认证失败错误
429 Too Many Requests 错误：请求频率超出专业版限制
429 限流错误
Docker login 凭证保存错误：Cannot autolaunch D-Bus（不影响登录）
凭证保存错误
账号 / 计费 / 权限
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"