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StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种公共卫生生物信息学工具的Docker镜像，集中托管于Dockerhub和Quay.io，文档清晰，支持Singularity转换，助力病原体基因组分析等公共卫生工作。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：4 个月前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明
如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：
生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。国内用户首推 DeepSeek、元宝 AI 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
StaPH-B Docker镜像仓库
镜像概述和主要用途
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及相关文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
核心功能和特性
- 集中化管理：为公共卫生生物信息学工具提供统一的Docker镜像管理平台
- 多平台托管：镜像同时托管于Dockerhub和Quay.io，并定期同步
- 无拉取限制：已通过Docker开源计划认证，解除
staphb镜像的Dockerhub拉取速率限制 - Singularity兼容：大多数镜像可轻松转换为Singularity格式，满足不同环境需求
- 完善文档：提供详细的用户指南，包括容器使用和开发的最佳实践
使用场景和适用范围
适用于公共卫生实验室的生物信息学分析工作，特别是病原体基因组 surveillance（如SARS-CoV-2及其他公共卫生关注病原体的基因组监测）。广泛应用于基因组组装、序列分析、变异检测、系统发育分析等生物信息学流程。
使用方法和配置说明
访问用户指南
详细的使用和开发指南请参考：https://staph-b.github.io/docker-builds/
Singularity使用
对于无法使用Docker的环境，可将Docker镜像转换为Singularity格式。具体方法请参考上述用户指南中关于从Dockerhub下载镜像并使用Singularity运行的说明。如发现不兼容的镜像，请提交issue反馈。
镜像拉取
Dockerhub
bashdocker pull staphb/[镜像名称]:[版本标签]
示例：
bashdocker pull staphb/abricate:1.0.0
Quay.io
bashdocker pull quay.io/staphb/[镜像名称]:[版本标签]
镜像托管平台
所有镜像同时托管于两个平台并定期同步：
- Dockerhub - https://hub.docker.com/r/staphb/
- Quay.io - [***]
注意：Dockerhub自2020年11月起实施拉取速率限制，但
staphb镜像已通过Docker开源计划解除限制。如遇到toomanyrequests错误，请通过https://github.com/StaPH-B/docker-builds/issues%E5%8F%8D%E9%A6%88%E3%80%82
可用Docker镜像列表
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/ |
| https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/any2fasta/ |
| https://github.com/tseemann/any2fasta |
| https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/ |
| https://github.com/sanger-pathogens/ariba |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019 |
| https://github.com/artic-network/fieldbioinformatics |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-medaka |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/artic-ncov2019-nanopolish |
| https://github.com/artic-network/artic-ncov2019 |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/augur |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://github.com/nextstrain/auspice |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/ |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bcftools/ |
| https://github.com/samtools/bcftools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/ |
| [***] https://github.com/arq5x/bedtools2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/berrywood-report-env/ |
| none |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bowtie2/ |
| [***] https://github.com/BenLangmead/bowtie2 |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bwa |
| https://github.com/lh3/bwa |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu |
| [***] https://github.com/marbl/canu |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/ |
| [***] https://github.com/lbcb-sci/racon https://github.com/isovic/racon (ARCHIVED) https://lh3.github.io/minimap2/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/ |
| https://github.com/stjacqrm/centroid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/ |
| https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline |
| https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/circlator |
| https://github.com/sanger-pathogens/circlator |
| https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/colorid |
| https://github.com/hcdenbakker/colorid |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env |
| https://github.com/VADGS/CutShaw |
| https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool |
| https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastani |
| https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree |
| [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc |
| [***] https://github.com/s-andrews/FastQC |
| https://hub.docker.com/r/staphb/fastq-scan |
| https://github.com/rpetit3/fastq-scan |
| https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong |
| https://github.com/rrwick/filtlong |
| https://hub.docker.com/r/staphb/flye |
| https://github.com/fenderglass/Flye |
| https://hub.docker.com/r/staphb/freyja |
| https://github.com/andersen-lab/Freyja |
| https://hub.docker.com/r/staphb/gambit [
staphb/pangolin
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
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2 个月前更新
staphb/samtools
staphb
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
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1 个月前更新
staphb/bcftools
staphb
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
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1 个月前更新
staphb/ivar
staphb
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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9 个月前更新
staphb/vadr
staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
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1 个月前更新
staphb/fastqc
staphb
FastQC：用于高通量测序数据的质量控制分析工具，可生成详细的质量评估报告，帮助研究人员评估测序数据质量。
2 次收藏100万+ 次下载
3 年前更新
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