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staphb

StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的Docker镜像构建仓库，包含多种程序的Dockerfile，提供集中管理的Docker镜像，方便用户访问，并包含清晰的构建和使用文档。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 个月前

让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。若 AI 无法访问外链，可打开说明文档复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

轩辕镜像，让镜像更快，让人生更轻。点击查看

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镜像标签列表与下载命令

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docker-builds

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。本仓库的目的是提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

作者

每个Dockerfile都列出了特定Docker镜像的作者/维护者，但Docker镜像的作者/维护者如下：

https://github.com/kapsakcj
https://github.com/nwflorek
https://github.com/garfinjm

贡献方式

如果您想贡献自己的Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求（pull request）。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/

可用Docker镜像

您也可以在Docker Hub上查看镜像列表：https://hub.docker.com/r/staphb/

软件	版本	链接
https://hub.docker.com/r/staphb/sratoolkit/	2.9.2	https://github.com/ncbi/sra-tools
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/	1.1.4f, 2.0.1 (lyve-SET)	https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/	1.0	https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/spades/	3.12.0, 3.13.0	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/quast/	5.0.0	https://github.com/ablab/quast
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/	2.1	https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/serotypefinder/	1.1（我认为？Bitbucket仓库未列出此Docker镜像中的旧版本）	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero/	1.0.1	https://github.com/denglab/SeqSero
https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero2/	0.1.0	https://github.com/denglab/SeqSero2/
https://hub.docker.com/r/staphb/sistr/	1.0.2	https://github.com/peterk87/sistr_cmd
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/	0.8.7	https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/prokka/	1.13	https://github.com/tseemann/prokka
https://hub.docker.com/r/staphb/trimmomatic/	0.38	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/	1.6.7	[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/unicycler/	0.4.7	https://github.com/rrwick/Unicycler
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/	1.7.1 (Canu) 1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2)	[***] https://github.com/isovic/racon https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/roary/	3.12.0	https://github.com/sanger-pathogens/Roary
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/	0.1（无版本）	https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/shovill/	1.0.4	https://github.com/tseemann/shovill
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa	0.7.17	https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/samtools	1.9	https://github.com/samtools/samtools
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline	2.0.2	https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sratoolkit 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/sratoolkit:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/sratoolkit:<标签>

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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"