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StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟的Docker镜像构建仓库，包含多种程序的Dockerfile，提供集中管理的Docker镜像，方便用户访问，并包含清晰的构建和使用文档。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：13 天前
docker-builds
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile和其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。本仓库的目的是提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。
作者
每个Dockerfile都列出了特定Docker镜像的作者/维护者，但Docker镜像的作者/维护者如下：
- https://github.com/kapsakcj
- https://github.com/nwflorek
- https://github.com/garfinjm
贡献方式
如果您想贡献自己的Docker镜像或改进现有镜像，请fork本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求（pull request）。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/
Docker用户指南
我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/
可用Docker镜像
您也可以在Docker Hub上查看镜像列表：https://hub.docker.com/r/staphb/
| 软件 | 版本 | 链接 |
|---|---|---|
| https://hub.docker.com/r/staphb/sratoolkit/ | 2.9.2 | https://github.com/ncbi/sra-tools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/ | 1.1.4f, 2.0.1 (lyve-SET) | https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline |
| https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/ | 1.0 | https://github.com/DerrickWood/kraken |
| https://hub.docker.com/r/staphb/spades/ | 3.12.0, 3.13.0 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/quast/ | 5.0.0 | https://github.com/ablab/quast |
| https://hub.docker.com/r/staphb/mash/ | 2.1 | https://github.com/marbl/Mash |
| https://hub.docker.com/r/staphb/serotypefinder/ | 1.1（我认为？Bitbucket仓库未列出此Docker镜像中的旧版本） | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero/ | 1.0.1 | https://github.com/denglab/SeqSero |
| https://hub.docker.com/r/staphb/seqsero2/ | 0.1.0 | https://github.com/denglab/SeqSero2/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/sistr/ | 1.0.2 | https://github.com/peterk87/sistr_cmd |
| https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/ | 0.8.7 | https://github.com/tseemann/abricate |
| https://hub.docker.com/r/staphb/prokka/ | 1.13 | https://github.com/tseemann/prokka |
| https://hub.docker.com/r/staphb/trimmomatic/ | 0.38 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/ | 1.6.7 | [***] |
| https://hub.docker.com/r/staphb/unicycler/ | 0.4.7 | https://github.com/rrwick/Unicycler |
| https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/ | 1.7.1 (Canu) 1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2) | [***] https://github.com/isovic/racon https://lh3.github.io/minimap2/ |
| https://hub.docker.com/r/staphb/roary/ | 3.12.0 | https://github.com/sanger-pathogens/Roary |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/ | 0.1（无版本） | https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference |
| https://hub.docker.com/r/staphb/shovill/ | 1.0.4 | https://github.com/tseemann/shovill |
| https://hub.docker.com/r/staphb/bwa | 0.7.17 | https://github.com/lh3/bwa |
| https://hub.docker.com/r/staphb/samtools | 1.9 | https://github.com/samtools/samtools |
| https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline | 2.0.2 | https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline |
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sratoolkit 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/sratoolkit:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull staphb/sratoolkit:<标签>
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