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staphb

StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，包含多种生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供集中化、易于访问的镜像资源和详细的容器构建与使用文档。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明

如果你用 DeepSeek、元宝AI、Copilot 等 AI 代为编写轩辕镜像的 docker pull、修改 compose 镜像地址，或排查拉取失败等问题，请让 AI 先读规则再动手，只要在 AI 对话里直接发送下面这句话即可：

生成 docker pull、修改 compose 的 image，或排查拉取失败前，请先阅读并严格遵守 https://xuanyuan.cloud/agents.md 中的规则。

国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。

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docker-builds

本仓库包含StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用的多种程序的Docker镜像构建所需的Dockerfile和其他各类文件。该仓库旨在提供一个集中化的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请 Fork 本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
https://staph-b.github.io/docker-builds/contribute/

Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
https://staph-b.github.io/docker-builds/

关于Singularity？

对于许多人来说，Docker可能不是可选方案，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，并且可以轻松转换为Singularity格式。请参阅上面链接的用户指南，了解如何从Docker Hub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们已努力确保我们的容器与Singularity兼容，但如果您发现不兼容的容器，请提交issue告知我们！

可用Docker镜像

![Build Status]([***]

您也可以在Docker Hub上查看镜像列表：https://hub.docker.com/r/staphb/

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
0.8.7, 0.8.13, 0.8.13s (+serotypefinder db), 0.9.8, 1.0.0https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
2.14.4https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://github.com/nextstrain/augur
6.3.0, 7.0.2, 8.0.0, 9.0.0https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
2.12.0https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
38.76, 38.86[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
2.29.2[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
0.7.17https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
2.0 (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2);
1.9 (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2);
1.9i (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2) (+racon_preprocess.py);
1.7.1 (Canu) 1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2)		[***] https://github.com/isovic/racon https://lh3.github.io/minimap2/
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
1.0.0https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
0.1 (无版本)https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
2.0.2https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
1.5.6https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
1.2.4[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
1.0.0https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
0.0.1 (无版本)https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
1.1https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
2.1.11[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
0.11.8[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
0.2.0https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
2.5, 2.7, 2.8https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
1.6.7[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
1.1, 1.1 (+ SARS-CoV2 参考序列),
1.2.1, 1.2.1 (+ SC2 参考序列),
1.2.2 (+SC2 参考序列和artic bedfiles)		https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
1.2.21[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
1.0, 1.1.1https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
2.0.8-beta (MiniKraken2_v1_8GB 数据库),
2.0.8-beta_hv (人类+病毒数据库)		https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/
3.1[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/
0.3.7, 0.5.1https://github.com/tseemann/legsta
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/
1.1.4f, 2.0.1 (lyve-SET)https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/mafft/
7.450[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/
2.1, 2.2https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree
0.52.0, 0.57.0, 1.0.4, 1.2.0https://github.com/lskatz/mashtree
https://hub.docker.com/r/staphb/medaka
0.8.1, 1.0.1https://github.com/nanoporetech/medaka
https://hub.docker.com/r/staphb/minimap2
2.17https://github.com/lh3/minimap2
https://hub.docker.com/r/staphb/mlst
2.16.2, 2.17.6, 2.19.0https://github.com/tseemann/mlst
https://hub.docker.com/r/staphb/mugsy
1r2.3[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/multiqc
1.7, 1.8https://github.com/ewels/MultiQC
https://hub.docker.com/r/staphb/nanoplot
1.27.0, 1.29.0, 1.30.1, 1.32.0https://github.com/wdecoster/NanoPlot
https://hub.docker.com/r/staphb/ncbi-amrfinderplus
3.1.1b, 3.8.4https://github.com/ncbi/amr
https://hub.docker.com/r/staphb/OrthoFinder
[![docker pulls]([***]

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 unicycler 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/staphb/unicycler:<标签>

使用方法：

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull staphb/unicycler:<标签>

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为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
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