staphb/virsorter2

staphb/virsorter2 镜像说明

镜像概述

staphb/virsorter2是StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟开发的Docker镜像，封装了VirSorter2工具——一款用于从（宏）基因组数据中识别病毒序列的可定制分析管道。该镜像旨在为用户提供便捷、一致的分析环境，支持病毒组研究及公共卫生相关的病毒序列检测工作。

核心功能

1. 从（宏）基因组数据中精准识别病毒序列；
2. 支持定制化分析流程，适配不同研究场景的参数需求；
3. 与StaPH-B联盟的其他生物信息学工具兼容，便于构建完整分析链；
4. 兼容Singularity容器格式，满足无Docker权限环境的使用需求。

使用场景

1. 科研机构：病毒组学研究（如环境、临床样本中的病毒序列挖掘）；
2. 公共卫生实验室：病原体监测中的病毒序列快速识别；
3. 生物信息学分析：整合到基因组分析流程中，辅助病毒相关研究。

配置说明

• 镜像基于标准Linux环境构建，包含VirSorter2及其所有依赖组件；
• 需通过挂载本地目录的方式实现数据输入输出（建议将数据目录挂载到容器内/data路径）；
• 可通过命令行参数调整分析参数（如数据库选择、过滤阈值、输出格式等）。

部署示例

Docker Run基础命令

查看VirSorter2帮助信息：

bash
docker run -v /本地数据路径:/data docker.xuanyuan.run/staphb/virsorter2 virsorter2 --help

典型分析命令

假设本地/data目录包含输入文件sample.fasta，执行病毒序列识别：

bash
docker run -v /本地数据路径:/data docker.xuanyuan.run/staphb/virsorter2 virsorter2 run \
  -i /data/sample.fasta \
  -o /data/virsorter2_output \
  --db-dir /path/to/virsorter2_db  # 需提前挂载数据库目录

（注：VirSorter2需要专用数据库，用户需自行下载并挂载到容器内指定路径。）