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staphb/mlst

staphb

StaPH-B docker-builds仓库提供多种生物信息学工具的Docker镜像构建文件，为公共卫生实验室生物信息学联盟成员及用户提供集中、易访问的容器资源，包含构建和使用文档，支持贡献与反馈。

1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：3 个月前
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StaPH-B Docker镜像仓库

概述与主要用途

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并附带关于容器构建和使用方法的清晰文档。

核心功能与特性

  • 集中化资源：整合多种生物信息学工具的Docker镜像，便于用户查找和使用。
  • 清晰文档：每个Dockerfile均列出特定镜像的作者/维护者，提供构建和使用说明。
  • 开放贡献：支持用户通过Fork仓库、修改内容并提交Pull Request的方式贡献新镜像或改进现有镜像。
  • 问题反馈：用户可提交Issue报告镜像问题，欢迎各类反馈与建议。
  • 用户指南：提供详细的Docker容器使用和开发方法及最佳实践指南。
  • Singularity兼容：大多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无Docker环境的使用需求。

使用场景与适用范围

适用于StaPH-B联盟成员、生物信息学研究人员、公共卫生实验室人员等，用于获取和使用生物信息学分析工具的Docker镜像，支持基因组组装、序列比对、变异检测、分型、耐药基因分析等多种生物信息学任务。

使用方法与配置说明

用户指南

仓库提供详细的用户指南，概述Docker容器的使用和开发方法及最佳实践。
Docker用户指南

贡献方式

若希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请按以下步骤操作：

  1. Fork本仓库；
  2. 进行修改或添加内容；
  3. 提交Pull Request。

问题反馈

如遇镜像使用问题，请提交Issue报告。欢迎任何形式的反馈！
贡献详情

Singularity使用说明

对于无法使用Docker的用户，大多数Docker容器可兼容Singularity并轻松转换格式。请参考上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。若发现不兼容容器，请提交Issue反馈。

可用Docker镜像列表

![构建状态]([***]

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
0.8.7, 0.8.13, 0.8.13s (+serotypefinder db), 0.9.8https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
0.7.17https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
1.9 (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2);
1.9i (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2) (+racon_preprocess.py);
1.7.1 (Canu) 1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2)		[] https://github.com/isovic/racon []
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
0.1 (无版本)https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
2.0.2https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
1.5.6https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
1.2.4[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
0.0.1 (无版本)https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
1.1https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
2.1.11[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
0.11.8[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
0.2.0https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
2.5https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
1.6.7[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
1.2.21[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
1.0, 1.1.1https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
2.0.8-betahttps://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/
3.1[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/
0.3.7https://github.com/tseemann/legsta
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/
1.1.4f, 2.0.1 (lyve-SET)https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/
2.1, 2.2https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree
0.52.0, 0.57.0, 1.0.4https://github.com/lskatz/mashtree
https://hub.docker.com/r/staphb/medaka
0.8.1https://github.com/nanoporetech/medaka
https://hub.docker.com/r/staphb/minimap2
2.17https://github.com/lh3/minimap2
https://hub.docker.com/r/staphb/mlst
2.16.2, 2.17.6, 2.19.0https://github.com/tseemann/mlst
https://hub.docker.com/r/staphb/mugsy
1r2.3[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/multiqc
1.7, 1.8https://github.com/ewels/MultiQC
https://hub.docker.com/r/staphb/nanoplot
1.27.0https://github.com/wdecoster/NanoPlot
https://hub.docker.com/r/staphb/ncbi-amrfinderplus
3.1.1bhttps://github.com/ncbi/amr
https://hub.docker.com/r/staphb/OrthoFinder
2.17https://github.com/davidemms/OrthoFinder
https://hub.docker.com/r/staphb/pilon
1.23.0https://github.com/broadinstitute/pilon
https://hub.docker.com/r/staphb/plasmidseeker
1.0https://github.com/bioinfo-ut/PlasmidSeeker
https://hub.docker.com/r/staphb/prokka/
1.13.4, 1.14.0, 1.14.5https://github.com/tseemann/prokka
https://hub.docker.com/r/staphb/quast/
5.0.0, 5.0.2https://github.com/ablab/quast
https://hub.docker.com/r/staphb/rasusa/
0.1.0https://github.com/mbhall88/rasusa
https://hub.docker.com/r/staphb/raxml/
8.2.12 (RAxML)
0.9.0 (RAxML Next Generation)		https://github.com/stamatak/standard-RAxML
https://github.com/amkozlov/raxml-ng
https://hub.docker.com/r/staphb/roary/
3.12.0https://github.com/sanger-pathogens/Roary
https://hub.docker.com/r/staphb/salmid
0.1.23https://github.com/hcdenbakker/S

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StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
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