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StaPH-B docker-builds仓库提供多种生物信息学工具的Docker镜像构建文件，为公共卫生实验室生物信息学联盟成员及用户提供集中、易访问的容器资源，包含构建和使用文档，支持贡献与反馈。
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StaPH-B Docker镜像仓库
概述与主要用途
本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他相关文件，供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。其目的是提供集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并附带关于容器构建和使用方法的清晰文档。
核心功能与特性
- 集中化资源：整合多种生物信息学工具的Docker镜像，便于用户查找和使用。
- 清晰文档：每个Dockerfile均列出特定镜像的作者/维护者，提供构建和使用说明。
- 开放贡献：支持用户通过Fork仓库、修改内容并提交Pull Request的方式贡献新镜像或改进现有镜像。
- 问题反馈：用户可提交Issue报告镜像问题，欢迎各类反馈与建议。
- 用户指南：提供详细的Docker容器使用和开发方法及最佳实践指南。
- Singularity兼容：大多数Docker容器可转换为Singularity格式，满足无Docker环境的使用需求。
使用场景与适用范围
适用于StaPH-B联盟成员、生物信息学研究人员、公共卫生实验室人员等，用于获取和使用生物信息学分析工具的Docker镜像，支持基因组组装、序列比对、变异检测、分型、耐药基因分析等多种生物信息学任务。
使用方法与配置说明
用户指南
仓库提供详细的用户指南，概述Docker容器的使用和开发方法及最佳实践。
Docker用户指南
贡献方式
若希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请按以下步骤操作：
- Fork本仓库；
- 进行修改或添加内容；
- 提交Pull Request。
问题反馈
如遇镜像使用问题，请提交Issue报告。欢迎任何形式的反馈！
贡献详情
Singularity使用说明
对于无法使用Docker的用户，大多数Docker容器可兼容Singularity并轻松转换格式。请参考上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载镜像并使用Singularity运行。若发现不兼容容器，请提交Issue反馈。
可用Docker镜像列表
, 0.9.8 | [***] |
| BWA  1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2); 1.9i (Canu) 1.4.3 (Racon) 2.17 (minimap2) (+racon_preprocess.py); 1.7.1 (Canu) 1.3.1 (Racon) 2.13 (minimap2) | [] [] [***] |
| CDC-SPN  | [***] |
| cfsan-snp-pipeline  | [***] |
| FastANI   | [] [] |
| Mash  0.9.0 (RAxML Next Generation) | [] [] |
| Roary ![docker pulls]([***] | 3.12.0 | [***] |
| SalmID ![docker pulls]([***] | 0.1.23 | [***] |
staphb/pangolin
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
31M+ pulls
上次更新：1 个月前
staphb/samtools
by State Public Health Bioinformatics Community
基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
41M+ pulls
上次更新：4 个月前
staphb/ivar
by State Public Health Bioinformatics Community
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
1M+ pulls
上次更新：3 个月前
staphb/bcftools
by State Public Health Bioinformatics Community
用于变异检测及变异调用格式（VCF）与其二进制对应格式BCF文件处理的Docker镜像
191M+ pulls
上次更新：6 个月前
staphb/vadr
by State Public Health Bioinformatics Community
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
21M+ pulls
上次更新：1 个月前
staphb/kraken2
by State Public Health Bioinformatics Community
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
5500K+ pulls
上次更新：4 个月前
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker加速体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"
常见问题
Q1:轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
Q2:轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
Q3:流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
Q4:410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
Q5:manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
Q6:镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
轩辕镜像下载加速使用手册
探索更多轩辕镜像的使用方法，找到最适合您系统的配置方式
登录仓库拉取
通过 Docker 登录认证访问私有仓库
Linux
在 Linux 系统配置镜像加速服务
Windows/Mac
在 Docker Desktop 配置镜像加速
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Docker Compose 项目配置加速
K8s Containerd
Kubernetes 集群配置 Containerd
宝塔面板
在宝塔面板一键配置镜像加速
群晖
Synology 群晖 NAS 配置加速
飞牛
飞牛 fnOS 系统配置镜像加速
极空间
极空间 NAS 系统配置加速服务
爱快路由
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绿联
绿联 NAS 系统配置镜像加速
威联通
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Singularity/Apptainer
HPC 科学计算容器配置加速
其他仓库配置
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