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quast

staphb/quast

staphb

该仓库为StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员提供多种生物信息学程序的Docker镜像，集中管理Dockerfile及相关文件，便于用户访问，提供清晰的容器构建和使用文档，并支持Singularity转换。

1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：staphb仓库类型：镜像最近更新：1 年前
使用轩辕镜像，把时间还给真正重要的事。点击查看
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docker-builds

概述

本仓库包含构建多种程序Docker镜像所需的Dockerfile及其他各类文件，这些程序供StaPH-B（州公共卫生实验室生物信息学）联盟成员使用。仓库旨在提供一个集中的Docker镜像位置，方便用户访问，并提供关于容器构建方式和使用方法的清晰文档。

贡献指南

如果您希望贡献Docker镜像或改进现有镜像，请 fork 本仓库，进行修改/添加，然后提交拉取请求。如果您在使用现有镜像时遇到问题，请提交issue。我们欢迎所有反馈！
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Docker用户指南

我们还创建了一份用户指南，概述了使用和开发Docker容器的方法和最佳实践。
Docker用户指南

Singularity兼容性

对于许多人来说，Docker可能不是选项，但Singularity是。大多数Docker容器与Singularity兼容，且可轻松转换为Singularity格式。请参阅上述用户指南，了解如何从Docker Hub下载Docker镜像以及如何使用Singularity运行它们。我们努力确保容器与Singularity兼容，如有不兼容情况，请提交issue告知我们！

可用Docker镜像

![构建状态]([***]

软件版本链接
https://hub.docker.com/r/staphb/abricate/
0.8.7, 0.8.13, 0.8.13s (+serotypefinder数据库), 0.9.8, 1.0.0https://github.com/tseemann/abricate
https://hub.docker.com/r/staphb/ariba/
2.14.4https://github.com/sanger-pathogens/ariba
https://github.com/nextstrain/augur
6.3.0, 7.0.2, 8.0.0, 9.0.0https://github.com/nextstrain/augur
https://github.com/nextstrain/auspice
2.12.0https://github.com/nextstrain/auspice
https://hub.docker.com/r/staphb/bbtools/
38.76, 38.86[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bedtools/
2.29.2[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/bwa
0.7.17https://github.com/lh3/bwa
https://hub.docker.com/r/staphb/canu-racon/
2.0（Canu）1.4.3（Racon）2.17（minimap2）；
1.9（Canu）1.4.3（Racon）2.17（minimap2）；
1.9i（Canu）1.4.3（Racon）2.17（minimap2）（含racon_preprocess.py）；
1.7.1（Canu）1.3.1（Racon）2.13（minimap2）		[] https://github.com/isovic/racon []
https://hub.docker.com/r/staphb/centroid/
1.0.0https://github.com/stjacqrm/centroid
https://hub.docker.com/r/staphb/cdc-spn/
0.1（无版本号）https://github.com/BenJamesMetcalf/Spn_Scripts_Reference
https://hub.docker.com/r/staphb/cfsan-snp-pipeline
2.0.2https://github.com/CFSAN-Biostatistics/snp-pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/circlator
1.5.6https://github.com/sanger-pathogens/circlator
https://hub.docker.com/r/staphb/clustalo
1.2.4[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/cutshaw-report-env
1.0.0https://github.com/VADGS/CutShaw
https://hub.docker.com/r/staphb/emm-typing-tool
0.0.1（无版本号）https://github.com/phe-bioinformatics/emm-typing-tool
https://hub.docker.com/r/staphb/fastani
1.1https://github.com/ParBLiSS/FastANI
https://hub.docker.com/r/staphb/fasttree
2.1.11[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/fastqc
0.11.8[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/filtlong
0.2.0https://github.com/rrwick/filtlong
https://hub.docker.com/r/staphb/flye
2.5, 2.7https://github.com/fenderglass/Flye
https://hub.docker.com/r/staphb/iqtree/
1.6.7[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/ivar/
1.1, 1.1（含SARS-CoV2参考序列）,
1.2.1, 1.2.1（含SC2参考序列）,
1.2.2（含SC2参考序列和artic bed文件）		https://github.com/andersen-lab/ivar
https://hub.docker.com/r/staphb/kma/
1.2.21[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken/
1.0, 1.1.1https://github.com/DerrickWood/kraken
https://hub.docker.com/r/staphb/kraken2/
2.0.8-beta（含MiniKraken2_v1_8GB数据库）,
2.0.8-beta_hv（含人类+病毒数据库）		https://github.com/DerrickWood/kraken2
https://hub.docker.com/r/staphb/ksnp3/
3.1[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/legsta/
0.3.7, 0.5.1https://github.com/tseemann/legsta
https://hub.docker.com/r/staphb/lyveset/
1.1.4f, 2.0.1（lyve-SET）https://github.com/lskatz/lyve-SET https://github.com/lskatz/CG-Pipeline
https://hub.docker.com/r/staphb/mafft/
7.450[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/mash/
2.1, 2.2https://github.com/marbl/Mash
https://hub.docker.com/r/staphb/mashtree
0.52.0, 0.57.0, 1.0.4https://github.com/lskatz/mashtree
https://hub.docker.com/r/staphb/medaka
0.8.1, 1.0.1https://github.com/nanoporetech/medaka
https://hub.docker.com/r/staphb/minimap2
2.17https://github.com/lh3/minimap2
https://hub.docker.com/r/staphb/mlst
2.16.2, 2.17.6, 2.19.0https://github.com/tseemann/mlst
https://hub.docker.com/r/staphb/mugsy
1r2.3[***]
https://hub.docker.com/r/staphb/multiqc
1.7, 1.8https://github.com/ewels/MultiQC
https://hub.docker.com/r/staphb/nanoplot
1.27.0, 1.29.0, 1.30.1https://github.com/wdecoster/NanoPlot
https://hub.docker.com/r/staphb/ncbi-amrfinderplus
3.1.1b, 3.8.4https://github.com/ncbi/amr
https://hub.docker.com/r/staphb/OrthoFinder
2.17https://github.com/davidemms/Ortho

查看更多 quast 相关镜像 →

staphb/pangolin logo

staphb/pangolin

staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像集中存储库，包含多种公共卫生生物信息学工具的Dockerfile及相关文件，提供清晰的构建和使用文档，支持Docker与Singularity，便于用户访问和使用，助力病原体基因组监测等公共卫生工作。
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30 天前更新
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基于htslib库的C语言工具，用于处理下一代测序数据
5 次收藏100万+ 次下载
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staphb
为StaPH-B联盟成员提供多种生物信息学工具的Docker镜像集合，集中管理便于访问，包含清晰的构建与使用文档，且支持Singularity兼容。
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8 个月前更新
staphb/vadr logo

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staphb
StaPH-B联盟的Docker镜像仓库，提供多种生物信息学工具镜像，支持公共卫生实验室病原体基因组分析，托管于Dockerhub和Quay.io，已通过Docker开源计划解除拉取限制。
2 次收藏100万+ 次下载
2 个月前更新
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staphb/kraken2

staphb
Kraken2：分类学序列分类器，部分镜像包含数据库，部分不含数据库。
5 次收藏100万+ 次下载
4 个月前更新

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oldzhang

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5

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