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ShigEiFinder 镜像文档

概述

ShigEiFinder是一款专注于志贺氏菌（Shigella）和肠侵袭性大肠杆菌（EIEC）血清型分型的生物信息学工具。该工具集成聚类分析算法，支持Illumina测序平台生成的原始测序数据（reads）和基因组组装序列作为输入，提供准确、高效的血清型鉴定结果，广泛应用于微生物学研究、临床诊断和公共卫生监测领域。

核心功能与特性

• 靶向血清型分析：专门针对志贺氏菌和EIEC设计，提供特异性血清型分型结果
• 多输入格式支持：兼容Illumina测序原始数据（如fastq格式）和基因组组装序列（如fasta格式）
• 聚类分析驱动：采用聚类分析方法提升分型准确性，适应不同菌株的遗传多样性特征
• 自动化分析流程：内置标准化分析流程，减少人工干预，快速输出可解读的分型结果

使用场景与适用范围

• 微生物学研究：在志贺氏菌和EIEC的遗传进化、种群结构研究中进行血清型分型
• 临床诊断辅助：对临床分离株进行快速血清型鉴定，支持感染性疾病的精准诊断
• 公共卫生监测：用于食源性或水源性疾病暴发时的菌株溯源与传播链分析
• 实验室常规检测：微生物实验室对志贺氏菌和EIEC菌株的日常血清型筛查

使用方法与配置说明

基本使用（Docker Run）

通过以下命令运行ShigEiFinder容器，需挂载包含输入数据的本地目录，并指定必要参数：

bash
docker run -v /本地数据目录:/data shigeifinder:latest \
  --input /data/输入文件 \          # 输入文件路径（fastq或fasta格式）
  --output /data/输出目录 \         # 结果输出目录
  --type [reads|assembly]           # 输入类型：reads（测序数据）或assembly（组装结果）

关键参数说明

• --input：输入文件路径（必需），支持单端/双端fastq测序数据或fasta基因组组装序列
• --output：输出结果目录路径（必需），用于存储分型结果及中间文件
• --type：输入类型标识（必需），指定为"reads"（测序数据）或"assembly"（组装结果）
• --threads：可选参数，指定分析使用的CPU线程数，默认值为1
• --min-coverage：可选参数，设置最小覆盖度阈值（仅适用于reads输入），默认值为10
• --verbose：可选参数，启用详细日志输出模式

输出结果说明

分析完成后，在指定输出目录下生成以下核心文件：

• serotype_result.tsv：血清型分型结果表格，包含主要血清型及置信度信息
• cluster_analysis.txt：聚类分析详细报告，包括菌株聚类关系及分型依据
• analysis.log：完整分析过程日志，记录各步骤运行状态及参数

示例：使用组装序列进行分型

bash
docker run -v /home/user/genomes:/data shigeifinder:latest \
  --input /data/shigella_assembly.fasta \
  --output /data/shigella_result \
  --type assembly \
  --threads 4

示例：使用双端测序数据进行分型

bash
docker run -v /home/user/reads:/data shigeifinder:latest \
  --input /data/sample_R1.fastq,/data/sample_R2.fastq \  # 双端数据用逗号分隔
  --output /data/eiec_result \
  --type reads \
  --threads 8 \
  --min-coverage 15