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ersilia
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3 年前更新
docker
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model-runner
Docker 官方工具与组件镜像
Docker Model Runner支持镜像,用于在Docker CE中提供Model Runner功能,需通过Docker Model CLI插件的`docker model install-runner`命令拉取运行,不供终端用户直接使用。
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ersilia-assistant
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docker
/
docker-model-backend-llamacpp
Docker 官方工具与组件镜像
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newrelic
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synthetics-node-browser-runtime
newrelic
提供基于Node.js的浏览器运行时环境,用于支持合成监控场景的任务执行。
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docker
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docker-model-cli-desktop-module
Docker 官方工具与组件镜像
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ersiliaos
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eos3b5e
ersiliaos
基于RDKit的Descriptors.MolWt函数实现,用于输入小分子SMILES并计算其分子量(单位:g/mol)的Docker镜像。
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1 个月前更新
camunda
/
web-modeler-webapp
camunda
Web Modeler是面向业务和IT专业人员的协作集成工具,用于云设计开发,支持项目早期快速原型设计,与开发集群紧密集成并具备开箱即用功能,可通过BPMN和DMN标准图形化定义流程,包含基本流程开发生命周期。
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4 天前更新
camunda
/
web-modeler-restapi
camunda
Web Modeler是Camunda平台的关键组件,通过BPMN与DMN标准连接IT与业务,支持团队有效沟通和无缝协作,用于流程及流程应用的建模与部署。
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ersiliaos
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base-multistage-condapack
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ersiliaos
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base
ersiliaos
Ersilia Model Hub的基础镜像,用作模型之间的共享层。
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ersiliaos
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base-legacy-bentoml
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11 个月前更新
pecan
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model-ed2-git
pecan
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5 天前更新
ersiliaos
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eos4e40
ersiliaos
基于大肠杆菌生长抑制实验训练的化学图模型,可预测化合物抑制大肠杆菌生长的概率(80%抑制阈值),适用于抗生素活性筛选,模型标识符eos4e40。
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18 天前更新
ersiliaos
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eos5axz
ersiliaos
Morgan指纹(ECFP4)生成工具,基于RDKit实现,采用半径3和2048维度,用于分子特征化,将化合物转换为2048维整数向量表示,适用于各类生物医学领域的分子表示任务。
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5 个月前更新
ersiliaos
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conda
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5 年前更新
ersiliaos
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eos92sw
ersiliaos
eToxPred工具用于预测分子的合成可及性(SA)分数(实验室合成难易程度)和毒性(Tox)分数(对人类的毒性概率),适用于构建虚拟定制库,模型标识符为eos92sw。
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7 个月前更新
ersiliaos
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eos2r5a
ersiliaos
基于AiZynthfinder的逆合成可及性评分工具,通过训练20万ChEMBL分子数据集构建分类器,计算速度比基础工具快4500倍,用于预测分子的逆合成可及性,评分越高表示越容易合成。
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8 个月前更新
ersiliaos
/
eos8aa5
ersiliaos
基于知识引导的预训练图转换器,提供分子图的神经指纹(嵌入),采用LiGhT架构和知识引导预训练策略,输出固定2304维的知识驱动嵌入,适用于分子表征学习和特征化任务。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos4u6p
ersiliaos
Chemical Checker signaturizer提供25种生物活性签名(含2D/3D指纹、 scaffold、结合特性、晶体、副作用、细胞生物测定等),每种128维,共3200维向量,用于捕获化合物结构之外的特性,使用2020-02版本,定期更新。
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18 天前更新
ersiliaos
/
eos39co
ersiliaos
Uni-Mol分子表示镜像是基于SE(3)等变Transformer架构的预训练模型,可捕捉分子3D信息,训练超过2亿个构象,输出512维表示嵌入,Ersilia标识符为eos39co,适用于分子特征化任务。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos4e41
ersiliaos
这是一个基于大肠杆菌生长抑制实验训练的简化模型,用于识别与传统抗生素结构不同的化合物的抗生素潜力,适用于训练目的,完整版模型eos4e40提供完整预测能力。
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1 年前更新
ersiliaos
/
eos4zfy
ersiliaos
MAIP是用于预测小分子抗疟疾潜力的模型,集成了多个QSAR模型,基于来自Evotec、Johns Hopkins等机构的超过700万种化合物的专有数据训练,通过向MAIP在线服务器提交预测,适用于抗疟疾药物研发中的活性评估。
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ersiliaos
/
eos9o72
ersiliaos
CheMeleon是一种分子基础模型,基于Mordred包的确定性分子描述符预训练,利用有向消息传递神经网络在无噪声环境下预测描述符,生成2048维分子向量表示,适用于分子特征化任务。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos4ex3
ersiliaos
MolE表示是通过自监督深度学习生成的任务独立分子嵌入,旨在无需标记训练数据的情况下编码分子的化学有意义信息,输出固定维度为1000的向量表示。
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ersiliaos
/
eos9gg2
ersiliaos
以DrugBank化学空间为参考,使用Ersilia化合物嵌入作为描述符,执行PCA、UMAP和tSNE 2D投影,返回4个PCA分量及各2个UMAP、tSNE分量的坐标。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos5cl7
ersiliaos
用于预测化合物抑制淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae)生长活性概率的模型,基于ChEMBL数据集构建,采用LazyQSAR与CheMeleon Embeddings作为分子描述符,5折交叉验证AUROC为0.86,可辅助抗菌药物研发中的化合物筛选。
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6 个月前更新
ersiliaos
/
eos1lb5
ersiliaos
这是一个预测分子进入肺部、扩散通过干酪样病变及渗透结核分枝杆菌细胞壁可能性的模型集合,基于多项研究构建的分类器,用于结核病药物研发中的通透性评估。
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ersiliaos
/
eos2db3
ersiliaos
该工具以100k ChemDiv多样性集为化学空间参考,使用Ersilia化合物嵌入作为描述符,执行PCA、UMAP和tSNE投影,返回4个PCA分量及各2个UMAP和tSNE分量。
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2 个月前更新
pecan
/
model-maespa-git
pecan
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4 天前更新
ersiliaos
/
eos7asg
ersiliaos
PADEL小分子描述符工具,计算1875个分子描述符(1444个1D/2D、431个3D)和12种指纹,提供Python实现PaDDELPy,用于小分子表示与特征化,Ersilia模型标识符eos7asg。
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ersiliaos
/
eos3l5f
ersiliaos
CLAMP是基于ChEMBL数据训练的分子嵌入模型,通过对比学习结合大规模生物活性数据集,学习具有生物活性感知的化学表示,输出768维分子嵌入特征,适用于分子表征与特征化任务。
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ersiliaos
/
eos4wt0
ersiliaos
基于RDKit实现的Morgan指纹二进制向量表示,半径3,2048维度,用于分子特征化,Ersilia模型标识符eos4wt0。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos1ut3
ersiliaos
USRCAT是一种带药效团约束的实时超快速分子形状识别工具,通过将原子类型集成到传统USR描述符中,提升基于形状的虚拟筛选性能,可区分形状相似但药效团特征不同的化合物。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos7ike
ersiliaos
eNTRy规则Docker镜像用于预测革兰氏阴性菌中的化合物积累,基于低球状性(≤0.25)、低旋转键数量(≤5)和存在伯胺基团三个标准,助力抗菌化合物设计与渗透性优化。
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24 天前更新
selenium
/
node-all-browsers
selenium
以节点模式运行的Selenium Grid,包含所有主流浏览器(Chrome、Edge、Firefox),用于分布式自动化测试环境。
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8 天前更新
ersiliaos
/
eos4f95
ersiliaos
预测足菌肿病原体Madurella mycetomatis在小药物存在下的生长,基于MycetOS开源数据开发,使用Ersilia的LazyQSAR包训练,输出抑制概率(以20%生长为阈值),用于抗真菌活性预测。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos6ojg
ersiliaos
该镜像用于检查化合物与GARDP AntibioticDB数据库中已知抗生素的匹配情况,通过Morgan指纹(半径2,1024位)计算Tanimoto相似度并测试多个阈值,同时基于Murcko和BRICS骨架进行朴素贝叶斯二分类。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos4qda
ersiliaos
FasmiFra是基于(deep)SMILES片段的分子生成器,通过Deep SMILES确保生成分子语法有效,性能超过340,000分子/秒,基于ChEMBL的100k化合物采样片段,仅保留包含输入分子片段的组装分子。
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3 个月前更新
ersiliaos
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eos42ez
ersiliaos
用于预测化合物对人类肝癌细胞(HepG2)、人原代骨骼肌细胞(HSkMCs)和人肺成纤维细胞(IMR-90)的细胞毒性的模型,输出0-1之间的毒性概率值,0表示无毒,1表示有毒。
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18 天前更新
pecan
/
model-biocro-0.95
pecan
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4 天前更新
ersiliaos
/
eos6tpo
ersiliaos
使用神经符号AI框架在ChEBI本体中自动分类化学实体,智能利用本体结构指导学习系统,输出分号分隔的ChEBI预测父项列表。
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ersiliaos
/
eos2401
ersiliaos
基于SAFE(顺序附着片段嵌入)符号系统的分子支架修饰模型,可通过替换输入化合物的侧链生成最多100个新分子,适用于分子设计优化任务,支持SMILES格式输入输出。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos8a4x
ersiliaos
来自RDKIT的200个理化描述符集合,用于小分子特征化,包括分子量、溶解度和药物可及性参数,采用DescriptaStorus选择的RDKit描述符,Ersilia标识符eos8a4x。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos2gw4
ersiliaos
生物活性感知的小分子化学嵌入模型,通过迁移学习生成1024个特征的嵌入向量,融合物理化学与生物活性信息,训练数据来自FS-Mol和ChEMBL数据集,使用Grover、Mordred和ECFP描述符。
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ersiliaos
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eos1noy
ersiliaos
使用ChEMBL数据库API的分子采样器,通过Tanimoto相似度(>0.4)搜索与输入分子相似的分子,最多返回100个结果,由Ersilia开发。
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7 个月前更新
ersiliaos
/
eos633t
ersiliaos
MoLeR是基于图的分子生成模型,结合片段和原子生成新分子,支持支架约束优化,可完成任意分子支架,使用Enamine的300k构建块库,为每个输入分子生成1000个保留支架的新分子。
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pecan
/
model-sipnet-git
pecan
暂无描述
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4 天前更新
ersiliaos
/
eos694w
ersiliaos
REINVENT4的Mol2Mol Medium Similarity选项可生成约100个新的小分子,保持与输入化合物的中等结构和化学相似性,在保留关键药效团或功能特征的同时支持骨架探索,适用于早期药物发现中的命中扩展、类似物生成和化学空间探索任务。
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2 个月前更新
ersiliaos
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eos9ivc
ersiliaos
预测小分子对抗结核分枝杆菌的活性,基于Seattle Childrens提供的数据,使用LazyQSAR训练,3折交叉验证AUROC>0.8,输出MIC50、MIC90和全细胞测定的抑制概率。
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ersiliaos
/
eos8ub5
ersiliaos
使用Ersilia化合物嵌入作为描述符,对Coconut天然产物数据库的化学空间进行PCA、UMAP和tSNE投影,返回4个PCA分量及各2个UMAP、tSNE分量,适用于化合物的化学空间表示与投影分析。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos19mt
ersiliaos
Ersilia Model Hub Identifier: eos19mt
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos2hzy
ersiliaos
通过PubChem API对输入化合物进行相似性搜索(相似度0.7),返回最多100个相似分子的采样工具,由Ersilia开发,适用于化学分子相似性研究。
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ersiliaos
/
eos4rw4
ersiliaos
基于神经机器翻译模型的低维连续分子描述符,通过输入IUPAC分子名称生成512维向量表示,预训练于ChEMBL和ZINC数据集,ONNX格式,适用于分子特征化任务。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos57bx
ersiliaos
REINVENT 4 Mol2MolScaffold镜像利用REINVENT4的mol2mol scaffold先验和通用先验,为输入化合物生成约500个结构相似的新分子,适用于分子设计和相似性筛选场景。
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2 个月前更新
intel
/
model-registry
intel
Model Registry微服务提供集中式AI模型仓库,用于管理模型及其元数据(版本、精度等),支持多应用/开发者访问,简化模型管理、促进协作并助力改进模型部署。
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19 天前更新
ersiliaos
/
eos1pu1
ersiliaos
用于药物诱导心脏毒性风险的二元预测,输出化合物心脏毒性可能性的概率分数,支持化学输入(如SMILES)和生物数据,基于DICTrank数据集训练。
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2 个月前更新
intel
/
language-modeling
intel
用于运行Intel®架构模型库中语言建模工作负载的容器。
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1 年前更新
ersiliaos
/
eos8fma
ersiliaos
STONED采样器通过对SELFIES分子表示进行小修改来搜索化学空间并生成新分子,无需大量数据即可实现与深度生成模型相当的性能,主要用于化合物生成。
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2 个月前更新
sitespeedio
/
browsertime
sitespeedio
Browsertime是一款从浏览器获取Web性能指标的工具,支持Firefox和Chrome,可收集导航时间、用户时间、资源时间等性能数据,生成HAR文件,运行自定义脚本,录制视频并分析视觉指标(如速度指数)。
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6 天前更新
ersiliaos
/
eos8d8a
ersiliaos
MycPermCheck是基于理化性质预测结核分枝杆菌细胞膜渗透性的模型,通过活性分子(MIC < 10 uM,分子量<500 Dalton)和ZINC数据库样本训练,输出渗透性概率,适用于结核病药物研发中的ADME性质评估。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos7w6n
ersiliaos
GROVER是一个自监督图神经网络,预训练了1000万未标记分子,用于生成分子的5000维嵌入表示,适用于分子特征化和表示学习任务,在MoleculeNet基准测试中表现优于其他最先进方法。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos9ueu
ersiliaos
Small World Enamine REAL搜索镜像是基于包含230B+分子子结构的化学空间索引,通过Small World API查询并针对Enamine REAL图谱采样100个距离≤10的分子,用于化合物相似性搜索的工具。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos6ost
ersiliaos
REINVENT 4 LibInvent通过在给定输入分子的附着点添加R基团生成新分子,若输入SMILES字符串无指定附着点则自动寻找潜在附着点并迭代组合,每个输入可生成最多1000个相似分子。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos18ie
ersiliaos
Ersilia Model Hub Identifier: eos18ie
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos935d
ersiliaos
MetaTrans镜像是一个基于分子转换器模型的工具,用于预测小分子的人类代谢物,通过I相和II相反应分析,最多可生成10种代谢物,适用于ADMET研究和药物安全性评估。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos82v1
ersiliaos
SMILES-based Transformer Encoder-Decoder (SMILES-TED)是IBM开发的编解码器模型,预训练于9100万SMILES样本(40亿分子tokens),支持量子性质预测等复杂任务,提供289 M和8x289 M两种主要变体。
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3 个月前更新
ersiliaos
/
eos11sr
ersiliaos
嵌入式Morgan指纹(eMFP)的Docker镜像,保留分子关键结构信息,通过改进数据表示减少过拟合风险并增强模型性能,用于分子特征化,输出固定1024维向量表示。
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5 个月前更新
ersiliaos
/
eos1d7r
ersiliaos
这是一个通过Small World API查询ZINC化学空间的镜像,用于在距离10范围内采样100个分子的相似性搜索,支持单个化合物输入,返回100个近邻分子的SMILES字符串。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos6ru3
ersiliaos
基于WHALES描述符对Q-Mug(ChEMBL的600k生物活性分子子集)进行相似性搜索,支持骨架跃迁,返回Top 100相似分子,内置3D构象生成。
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ersiliaos
/
eos2fy6
ersiliaos
该模型使用Word2Vec自然语言处理技术处理SMILES字符串,基于2000多个小分子的HepG2细胞毒性实验数据(IC50)训练,用于分类化合物是否具有HepG2毒性(IC50 <= 30 uM),数据来源于ChEMBL公共库。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos9ei3
ersiliaos
基于分子复杂性和片段贡献估算类药物分子的合成可及性分数(SAScore),已集成到RDKit包,低分数表示合成可及性高,通过40种分子验证(r2=0.89)。
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8 个月前更新
camunda
/
web-modeler-websockets
camunda
Web Modeler是一款用于云基设计开发的协作集成工具,支持业务和IT人员通过BPMN & DMN标准图形化定义流程,具备快速原型设计、与开发集群紧密集成及开箱即用功能,并包含基本流程开发生命周期。
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7 天前更新
ersiliaos
/
eos3ae6
ersiliaos
WHALES(加权整体原子定位与实体形状)是基于3D结构的分子描述符,用于天然产物特征化,支持从天然产物到合成化合物的骨架跃迁练习,Ersilia模型标识符为eos3ae6。
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1 个月前更新
ersiliaos
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eos5nqn
ersiliaos
GNEProp大肠杆菌抗生素活性预测模型,基于高通量筛选训练,可预测化合物抑制敏感大肠杆菌菌株的概率,支持大规模虚拟筛选以发现新抗菌化合物,模型稳健性经分布外泛化和活性悬崖预测验证。
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11 天前更新
ersiliaos
/
eos2b6f
ersiliaos
使用图神经网络和迁移学习预测小分子微状态pKa值的模型,分两阶段训练(ChEMBL数据集预训练+小数据集微调),无需Epik许可证,适用于单质子分子,输出pKa预测值及标准偏差。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos2lqb
ersiliaos
HobPre用于预测小分子在人体中的口服生物利用度,基于约1200个分子的公开数据训练,提供HOB >20%和>50%两个阈值的概率预测及适用性域判断。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos2l0q
ersiliaos
用于预测小分子对抗曼氏血吸虫的活性,基于多个药物库(如Cancer Drug Library、FDA Library等)的体外筛选数据开发,使用LazyQSAR建模,AUROCS范围0.7-0.89,可输出新转化血吸虫和成虫在不同浓度下的抑制率及IC50活性概率。
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6 个月前更新
ersiliaos
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eos5pt8
ersiliaos
基于无监督RNN语言模型的药物相似性评分工具,仅使用已知药物训练,可预测反映药物开发阶段进展的药物相似性分数,无需负样本或二元输出,分数越高表示药物相似性越高。
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6 个月前更新
ersiliaos
/
eos7qga
ersiliaos
使用Datamol包,接收SMILES输入,经分子清洗和标准化后生成规范SMILES、SELFIES、InChI及InChIKey四种化学表示形式的转换工具。
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2 个月前更新
ersiliaos
/
eos82v1
ersiliaos
SMILES-based Transformer Encoder-Decoder (SMILES-TED)是IBM开发的编解码器模型,预训练于9100万SMILES样本(40亿分子tokens),支持量子性质预测等复杂任务,提供289 M和8x289 M两种主要变体。
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3 个月前更新
ersiliaos
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eos1vms
ersiliaos
ChEMBL团队开发的基于配体的多目标预测模型,使用小分子-蛋白质目标对训练,基于ChEMBL_28构建,准确率85%,可输出616个蛋白质的结合概率,适用于目标识别和生物活性谱分析。
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2 个月前更新
ersiliaos
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eos1d7r
ersiliaos
这是一个通过Small World API查询ZINC化学空间的镜像,用于在距离10范围内采样100个分子的相似性搜索,支持单个化合物输入,返回100个近邻分子的SMILES字符串。
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1 个月前更新
ersiliaos
/
eos2fy6
ersiliaos
该模型使用Word2Vec自然语言处理技术处理SMILES字符串,基于2000多个小分子的HepG2细胞毒性实验数据(IC50)训练,用于分类化合物是否具有HepG2毒性(IC50 <= 30 uM),数据来源于ChEMBL公共库。
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